A Companhia de Jesus participou da formação do MEPES. A fundação do MEPES ocorreu em um contexto nacional de grandes transformações sociais e da atuação renovada da Igreja Católica após o Concílio Vaticano II. A Companhia de Jesus, com sua tradição educacional e compromisso social, buscou criar no Espírito Santo uma instituição que respondesse aos desafios locais de pobreza e desigualdade, indo além das escolas tradicionais.